#16 · 主分类: 生物信息学与基因组学

enformer-pytorch

artificial-intelligence attention-mechanism deep-learning dna-sequences gene-expression genomics transformer

Enformer的Pytorch实现,Deepmind的预测基因表达的注意力网络

项目最后更新:06/26/26

GitHub Stars

574

Forks数量

100

贡献者数量

9

许可证

MIT

收录理由

DeepMind 的 Enformer 模型能从 DNA 序列直接预测基因表达,这个仓库用 PyTorch 重写了它,省去处理原始 TensorFlow/Sonnet 代码的麻烦。输入一段序列,就能得到基因表达、染色质可及性等全基因组范围的预测轨道,还提供了与论文报告的相关性分数一致的预训练权重。除了直接推理,它也支持针对新任务做微调,可以引入细胞类型或转录因子上下文,甚至用交叉注意力融合额外的嵌入信息。HuggingFace 集成让加载权重和缩短序列长度变得很省事,而检查点机制则帮助在显存有限的 GPU 上跑更大的模型。对想复现 Enformer 结果、或者自己搭建调控基因组学模型的科研人员和生信工程师来说,这是一个维护活跃、采用 MIT 许可的可靠起点。

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