scanpy

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Scanpy 在单细胞基因组学领域几乎扮演着标准工具链的角色，大量已发表研究都建立在它之上。它把预处理、可视化、聚类、轨迹推断和差异表达检验整合进同一个 Python 库，从原始计数到可解释的结果，无需自己拼装多个包。整个设计围绕 AnnData 对象展开，这个对象将表达矩阵与细胞、基因的注释信息绑定在一起，也方便数据在 Scanpy 与 scverse 生态其他组件之间流转。面对真正的大规模数据，它同样表现稳健：处理超过一百万个细胞毫无压力，实验性的 Dask 后端还能让许多函数应对无法载入内存的数据。由于它被广泛用于教学和实践，你在这里写出的分析流程很容易分享，也能与已发表的同类分析直接比较。